L’enseignement scientifique des écoles Steiner est construit sur une approche expérimentale de la science. Les élèves doivent observer puis décrire les concepts scientifiques avec leurs propres mots et dessins au lieu de les apprendre par coeur dans un manuel. Le vécu sensoriel expérimental vise à stimuler les élèves sur le principe de la phénoménologie. Ainsi, les élèves apprennent des théories qu’ils observent eux-mêmes et tentent d’en comprendre les causes et conséquences des phénomènes physiques observés.
L’utilisation de la technologie, tels que des ordinateurs, n’est considérée utile qu’à partir du moment où les enfants ont compris les fondamentaux et peuvent s’instruire en effectuant des recherches.
Selon Wikipédia, au Québec, la pédagogie Steiner-Waldorf utilisée dans les écoles du pays suscite des controverses. En effet, accusées de 
ne pas respecter le programme québécois et de causer des retards scolaires importants par rapport aux élèves de l’éducation publique, les écoles Waldorf ont fait l’objet d’un rapport très critique d’une commission d’enquête officielle et l’école de Chambly s’est vu fermer à la fin de l’année scolaire 2013-2014. D’après une étude réalisée aux Etats-Unis sur l’enseignement des sciences au sein des écoles Steiner, le programme « scientifique » de ces établissement contient des contenus inexacts, ou « hautement suspects comme scientifiquement valides », telle que les notions d’esprit incarnés physiquement dans des âmes se manifestant sous la forme animale. Selon le travail de recherche de David Jelinek et Li-Ling Sun, cinq principes fondamentaux doivent impérativement être intégrées au sein des écoles Steiner : Les théories du Big Bang et de la tectonique des plaques, le modèle physique de l’atome, le tableau périodique des éléments, et la théorie biologique de l’évolution.
